join tw_Stan on tw_Id = st_TowId and st_MagId = dok_MagId
(*)
IN ({CHL:nabycie/dostawa krajowa#0#import/eksport towarów#1#nabycie/dostawa eu#3#transakcja trójstronna#3#import/eksport usług#6#odwrotne W którym miejscu powyższego schematu mam jeszcze popracować ??

W zaznaczonym gwiazdką 
Zgubiło Ci się WHERE i początek warunku.
Nie wiadomo co ma być IN (...)

Niestety przestał mi działać zdalnie subiekt i nie mogę przetestować

Nie ma czego... Teraz przecież porównujesz typ dokumentu z rodzajem transakcji VAT... Kolejny raz odsyłam do swojej pierwszej odpowiedzi:

... kolumna "dok_RodzajOperacjiVat"

Tak, link do dokumentacji:

https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms177682.aspx

.

A czy mogę połączyć to w ten sposób:

FROM dok__Dokument
INNER JOIN adr__Ewid ON dok_PlatnikId = adr_IdObiektu AND adr_TypAdresu = 1
WHERE (dok_Typ IN({CHL:Faktura zakupu#1#Faktura sprzedaży#2#Korekta faktury zakupu#5#Korekta faktury sprzedaży#6#:Typ dokumentu}))
or (dok_RodzajOperacjiVat IN ({CHL:nabycie/dostawa krajowa#0#import/eksport towarów#1#nabycie/dostawa eu#3#transakcja trójstronna#3#import/eksport usług#6#odwrotne obciązenie#6#naybcie/dostawa poza terytorium kraju#12#:dok_RodzajOperacjiVat}))

Bo w sumie oba filtry mogą być dla mnie przydatne.

AND

Czy mogłabym prosić o sprawdzenie poprawności ??

SELECT dok_DataWyst AS [Data], dok_NrPelny AS [Numer], adr_NazwaPelna AS [Kontrahent],
CASE WHEN dok_WalutaKurs = 0 THEN 0 ELSE dok_WartNetto/dok_WalutaKurs END AS [Netto w walucie],
CASE WHEN dok_WalutaKurs = 0 THEN 0 ELSE dok_WartBrutto/dok_WalutaKurs END AS [Brutto w walucie],
dok_Waluta AS [Waluta], dok_WalutaKurs AS [Kurs]
from dok__Dokument join adr__Ewid on dok_PlatnikId=adr_IdObiektu and adr_TypAdresu=1
WHERE (dok_Typ IN({CHL:Faktura zakupu#1#Faktura sprzedaży#2#Korekta faktury zakupu#5#Korekta faktury sprzedaży#6#:Typ dokumentu}))
and (dok_RodzajOperacjiVat IN ({CHL:nabycie/dostawa krajowa#0#import/eksport towarów#1#nabycie/dostawa eu#3#transakcja trójstronna#3#import/eksport usług#6#odwrotne obciązenie#6#naybcie/dostawa poza terytorium kraju#12#:dok_RodzajOperacjiVat}))
and dok_Status =1
and  dok_DataWyst BETWEEN {DR:Data dokumentu}
and dok_MagId IN ({CHL_DB: SELECT mag_Id, mag_Nazwa FROM sl_Magazyn :Magazyn})
and tw_IdGrupa IN ({CHL_DB: SELECT grt_Id, grt_Nazwa FROM sl_GrupaTw :Grupa Towarów})
GROUP BY tw_Symbol, tw_Nazwa

Ale Ty w ogóle masz jakieś pojęcie o TSQL, czy tak poprawiasz "na czuja" nie rozumiejąc co to robi i dlaczego?

Wkleiłem to do Subiekta i kliknąłem "Testuj zapytanie" to dostałem komunikat "Invalid column name 'tw_IdGrupa'".
Twój SELECT bierze dane z 2 tabel: dok__Dokument i adr__Ewid.
W żadnej z nich nie ma kolumny 'tw_IdGrupa', więc jak to ma zadziałać?

Hmm...
Rozumiem, ale jak dla mnie to jedno z dwojga - poznajesz TSQL i piszesz/modyfikujesz własne zestawienia, albo zamawiasz u kogoś.

No to tak na początek, dla zachęty 
SELECT wybiera dane z bazy, a konkretnie z tabel do których się odwołujesz po FROM.
W tym co tu wklejasz, tak na pierwszy rzut oka, zmieniła się lista tych tabel.

W wersji z 05.11 było tak:
FROM dok_Pozycja
join dok__Dokument ON ob_DokHanId = dok_Id
join tw__Towar ON ob_TowId = tw_Id
join tw_Stan on tw_Id = st_TowId and st_MagId = dok_MagIdA w ostatniej już cąłkiem inaczej, bo:
from dok__Dokument join adr__Ewid on dok_PlatnikId=adr_IdObiektu and adr_TypAdresu=1
Oprócz tego są jeszcze warunki (po WHERE) i w Twoim przypadku dodatkowo także grupowanie (po GROUP BY).

U Ciebie dane mają pochodzić z tabel dok__Dokument i adr__Ewid, a w warunkach wykorzystujesz kolumnę tw_IdGrupa, której nie ma w żadnej z tych dwóch tabel.
Do tego grupowanie masz po kolumnach tw_Symbol, tw_Nazwa, których także nie ma ani w żadnej z tych dwóch tabel.
Wszystkie te 3 kolumny pochodzą z tabeli tw__Towar, w ogóle nie występującej w tym zestawieniu.

Nie wiem co chciałaś osiągnąć, ale mam wrażenie że ostatnie 2 linijki ,o te:
and tw_IdGrupa IN ({CHL_DB: SELECT grt_Id, grt_Nazwa FROM sl_GrupaTw :Grupa Towarów})
GROUP BY tw_Symbol, tw_Nazwa są z innej bajki niż cała reszta.

PS purystów proszę o wyrozumiałość. Wiem że SELECT może nie tylko z tabel, ale to nie ten etap