W Administracja -> Prarametry -> Parametry Gratyfikanta jest opcja: "Uwzględnij koszty uzyskania i ulgę podatkową tylko w wypłatach głównych". Można ją włączyć, chociaż to nie jest zalecane.
A odnośnie Twojego przypadku, że nalicza te koszty po raz drugi to nie umiem Ci odpowiedzieć bez bardziej szczegółowych informacji nt. wypłaty głównej. Czy koszty na wypłacie głównej są odliczone w całości? Może wypłaty są za niskie?