Proszę sprawdzić co jest w umowie o pracę - czas pracy - wymiar czasu pracy i kalendarz, wydaje mi się, że jest tam ustawione dla pełnego etatu 7,35 więc standardowo d 1/2 etatu będzie to 3,48. 

w umowie mam ustawione 1/2 etatu i tam właśnie jest 3:50 dla pełnego etatu 7h.

To jedyna myśl jaka mi przychodzi do głowy to wprowadzenie nowej wartości w czasie pracy poprzez opcję dodaj. Pytanie jeszcze jak jest ustawiony kalendarz dla tej osoby, bo wydaje mi się, że jeżeli on jest ustawiony na 3.5 to w kalendarzu również należałoby to poprawić.

w ECP też właśnie tak mam 3:30. Problem jest w umowie, ponieważ tam w zakładce czas pracy - wymiar czasu pracy - kalendarz - i tam właśnie  mam zaznaczone 1/2 etatu dla niepełnosprawnego. Problem w tym że ktoś założył dwa kalendarze dla takiej osoby i w jednym jest tak jak powinno 3:30 a w drugim 3:50. I do tej umowy został zaciągnięty właśnie ten z wymiarem 3:50 a nie mogę tego zmienić jak wchodzę w ta umowę 

Kalendarz można zmienić ale po dacie ostatniej wypłaty. Wcześniejsze wypłaty wg tego kalendarza blokują go.
Jeśli nie chcesz się cofać i poprawiać, to mozesz dodać nowy kalendarz od daty = data ostatniej wypłaty + 1 dzień.

czyli jak mam wypłaty na np 10 stycznia to nowy kalendarz musiałabym wprowadzić z dniem 11.01??? a czy w razie co mogę usunąć nowo założony kalendarz przed sporządzeniem kolejnej wypłaty?

A już wygenerowałaś te wypłaty za grudzień? Nie jest ważna data wypłaty, tylko miesiąc wypłaty. Może niezbyt ścisle to napisałem w poprzednim mailu.
Jesli nie, to mozesz zmienić od 01-12-2016. Z tym, że mogą Cię blokować wprowadzone za grudzień w kalendarzu zapisy, np. urlop czy absencja. Trzeba je wtedy wycofać, zmienić kalendarz i na nowo wprowadzić.

za grudzień jeszcze nie robiłam wypłat. w tym roku już chyba nie będę kombinować, bo od nowego roku i tak muszę zrobić aneks na wynagrodzenie i wtedy utworzę nowy kalendarz i zobaczymy co z tego wyjdzie  ale dzieki za podpowiedz!

Napisałaś, ze taki kalendarz już jest, więc nie twórz bytów nad potrzeby.