W spółce cywilnej wspólnicy osobno generują deklaracje DRA dla siebie i osobno jest generowany DRA + inne dla spółki (o ile zatrudnia pracowników).
Każde DRA wysyłasz osobno do pliku eksportu, oczywiście DRA spółki razem z innymi za pracowników.
Wczytujesz je odpowiednio w Płatniku. I tyle.
Można wysłać wszystkie razem do jednego pliku - jak napisał @Groosheck i wczytywać w Płatniku w każdym podmiocie. Zostanią wczytane tylko odpowiednie dla wybranego płatnika, reszta będzie pominięta.