I ten zasiłek też jest naliczany?
Nie, jest po prostu naliczana wypłata w 100% wysokości.
Sprawdź w definicji składnika płacowego który masz w umowie, co jest ustawione na zakładce Absencje dla tego typu nieobecności.
Przy urlopie macierzyńskim nie miałam zaznaczonego żadnego z 5 checkboxów

Czy wszystkie powinny być zaznaczone, czy może któryś pominięty?