Nie wystawiasz rachunków, bo ich już w obrocie prawnym nie ma. Wystawiasz faktury z VAT = zw. obowiazkowo dla firm, na żądanie dla osób prywatnych, ale faktury detaliczne do wystawionego wcześniej paragonu.

Czyli wystawiam w subiekcie paragon tak jak na screenie?

VAT ma być npo?

Jak dalej zaimportować takie dane do rachmistrza?

Nie ma stawki npo. Ten skrót jest używany w księgowości w szczególnych przypadkach - nie podlega odliczeniu.
Używasz stawki zw., bo jako nievatowiec jesteś zwolniony z VAT.


Odnośnie importu, to w Rachmistrzu, w tym miejscu z Twojego screena należy dodać zchemat importu dla każdego imortowanego rodzaju dokumentów.
Niestety gotowych schematów nie ma. Ale chyba są w wersji demo z przykładowymi danymi.