Ja mam takie ustawienia i wg mnie księguje wszystko prawidłowo
Powininno być jeszcze zaznaczone drugie pole "Stosuj przypadek szczególny tylko do VAT".
A ze względu na nieprawidłowe wydruki Ewidencji VAT zakupu dobrze jest jednak dać odliczenie proporcjonalne, bo wtedy wyraźnie na wydruku widać rozbicie VAT, czego przy normalnym nie ma.