100 podmiotów i zapewne na kiepskim sprzęcie z wolnymi dyskami, z jedną instancją serwera SQL i darmowym serwerze SQL Express ? Jeśli tak to szybko na pewno nie będzie... Według mnie przyczyną nie jest sama wersja 1.46, jest inna, która ujawniła się w tym samym okresie... Aby pomóc należałoby dokładnie poznać środowisko i sprawdzić co się dzieje podczas tego "mulenia", a ja nie znam "cudownego" sposobu, aby robić takie rzeczy na odległość, w tym przez forum - polecam zgłosić się do swojego serwisanta (jeśli ktoś zaproponował taką a nie inną infrastrukturę do pracy to niech teraz się martwi) lub poszukać innego.

Stara prawda mówi: najpierw trzy razy sprawdź, a dopieró później strzelaj.

No to potwierdziłeś to co napisałem, skoro instalacja poprawki tak znacząco spowolniła pracę w programach to infrastruktura mocno przysiada wydajnościowo... Poza tym dlaczego poprawki aktualizowały się same, bez Twojej wiedzy - automatyczne aktualizacje powinny być wyłączone...