Polecam się "nie przepychać", gdyż to nie skończy się dobrze, a prostowanie księgowości to niewdzięczna i czasochłonna praca, polecam skorzystać ze wsparcia doświadczonego serwisanta...
Co do samego problemu to po pierwsze należy sprawdzić generowany format, być może jest błędny, że generuje opisywany efekt, takie problemy to niestety codzienność. Istnieją parametry komunikacji, gdzie możemy określić po czym będzie identyfikowany kontrahent, ale do wyboru jest tylko symbol i nip, nie znam danych więc nie mogę doradzić nic więcej.