Odpisuję trochę późno, ale może pomogę

Do rozliczania spłat częściowych przy metodzie kasowej służy moduł "Rozrachunki -> Rozliczenia". Każda spłata rozrachunku oznaczonego jako "metoda kasowa" powinna się tam pojawić (w "rozliczeniu sprzedaży" jeśli spłata dotyczy należności, albo w "rozliczeniu zakupu" jeśli spłata dotyczy zobowiązania"). Po wejściu w wybraną spłatę w module "Rozliczenia" należy wypełnić tabelkę z kwotą brutto w rozbiciu na stawki VAT (w "Pomocy" jest zasugerowane, że program wypełnia ją automatycznie, ale u mnie jakoś nie chce i muszę to robić ręcznie, co przy jednej stawce VAT nie jest problemem, ale jeśli masz ich kilka to już tak) i - po ustawieniu odpowiedniego schematu księgowania - automatycznie przeksięgować z jednoczesnym wykazaniem proporcjonalnej kwoty podatku w odpowiednim rejestrze VAT (w momencie księgowania faktury zaznaczasz w zakładce dotyczącej VAT "odliczaj VAT po zapłaceniu" i zostawiasz puste pola "miesiąc odliczenia" i "data zapłaty", bo płacisz częściowo i nie chcesz odliczać VAT w jakiejś sztywnej dacie, bo nie masz pewności, kiedy nastąpi ostateczna spłata).