To jak wytłumaczysz to:

A możesz mi powiedzieć jak udało Ci się wprowadzić takie kwoty (albo co trzeba zmienić w konfiguracji).

Zrobiłem dokładnie to co zostało opisane w wątku, wszystkie najważniejsze dane są widoczne na zrzucie ekranu, ustawiłem sposób liczenia dokumentu od brutto i wprowadziłem oczekiwaną wartość netto... GT nie posiada konfiguracji, która wpływa na sposób wyliczania wartości dokumentu, zawsze liczy według tego samego algorytmu widocznego w parametrach dokumentów.

No i "wyszło szydło z worka". Pisaliśmy, żeby poprawić w zakładce VAT, napisałeś, że nie bo towary wejdą na magazyn w wartości innej niż faktycznie są. Skoro masz taką nietypową fakturę, to samemu sobie oblicz cenę towaru po rabacie i wpisz tą wartość w pozycji.
I jeśli nie zgadza się z tym co jest na fakturze, to:
1) źle wprowadzasz cenę na pozycjach
2) jest problem w zaokrągleniach matematycznych, wynikający z "nietypowego" wystawienia faktury.

Jak to rozwiązać:
1) Zmieniasz cenę towaru (wybranego), np. o 1 grosz, tak aby wartość netto dokumentu była zgodna
2) Piszesz do wystawcy faktury, że jest niegodna z przepisami (do każdego towaru z rabatem powinna być podana kwota rabatu).

...
Co do samodzielnego wyliczenia cen:
Czy prawidłowe (od strony programu/przepisów) jest wprowadzanie cen z 3 (i więcej) miejscami po przecinku - to w pełni rozwiązuje problem...

Tylko na dokumencie zakupu, ale nie w magazynie - tam cena jest "trzymana" do dwóch miejsc po przecinku, ale rozwiązanie jest najlepsze z możliwych.