Ja Panu napiszę jak chciałam zrobić, wpisałam do Rachmistrza faktury zakupu , natomiast sprzedaż z poszczególnych oddziałów zapisałam w plikach JPK na dysku , celem wysłania jednego z Rachmistrza pliku JPK, nie importowałam do Rachmistrzu poszczególnych faktur , tylko wpisałam sprzedaż z podsumowania rejestrów VAT z Subiekta. Wyliczyłam deklarację VAT -7 ,  i wygenerowałam plik JPK najpierw samego zakupu z Rachmistrza i scaliłam to z plikami sprzedaży z Subiekta i zaczęłam sprawdzać. I teraz o ile zakupy się zgadzają, to nie zgadza się sprzedaż, bo plik JPK wysłany z Subiekta nie uwzględnia VAT należnego od wewnątrzwspólnootowego zakupu towaru.
Z kolei jak w Rachmistrzu wygenerowałam plik JPK zakupu i sprzedaży to sprzedaż krajowa jest ujęta podwójnie. Dziękuję za pomoc i ewentualne wskazówki czy można to jakoś wygenerować bez wczytywania każdej faktury z Subiekta.