Nie zmieniasz wartości początkowej, bo ta w żaden sposób się nie zmieniła. W dacie otrzymania dotacji musisz pomniejszyć dokonane odpisy amortyzacyjne o odpowiednią wartość i dalej w każdym kolejnym miesiącu ujmować mniej w KUP (przy pełnym umorzeniu).
Inaczej będzie niewłaściwie ujęta wartość środka trwałego, co jest problemem przy jego sprzedaży (niezamortyzowana wartość idzie w koszty niezależnie od źródła jego finansowania).