Moim zdaniem wszystko jest ok.
Wygląda na to, że stan towaru w sklepie jest inny niż w programie. W tym przypadku jest niższy w programie. To znaczy, że pomiędzy synchronizacją stanów magazynowych i importem zamówień ze sklepu, nastąpiła w subiekcie sprzedaż (FS) lub wydania (WZ). Wtedy stan magazynowy w programie będzie mniejszy niż w sklepie, bo sklep nic nie wie o tych wystawionych dokumentach. Wtedy podczas importu zamówień ze sklepu do programu, może wystąpić problem braku odpowiedniego stanu magazynowego. W takiej sytuacji program nie mogąc zarezerwować konkretnych dostaw, zarezerwuje ilość, która może być większa niż stan magazynowy. Wtedy będą występować ujemne wartości.
Według mnie nie należy na takim magazynie wystawiać dokumentów sprzedaży/wydań innych, niż te wynikające ze sklepu internetowego.