Dokumenty fiskalizowane powinny być wystawiane od cen brutto, bo w taki sposób liczą urządzenia fiskalne. Program nawet pyta o przeliczenie wg brutto przy wysyłaniu do fiskalizacji.
Najprawdopodobniej wystawiasz od netto i dlatego masz taki efekt.

Mamy 2 stacje benzynowe czynne całą dobę, trudno zapanować nad paragonami, na 4mln obrotu nie zgadza się o 3zł VAT Niby niedużo ale  jednak różnica jest Subiekta i Rewizora używamy od początku roku czyli dopiero się go uczę. Zdarzają się paragony które nie są zafiskalizowane i dopiero po czasie je fiskalizuje. nagminne jest że paragony "przechodzą" na kolejny dzień tzn raport dobowy wykonany np 23:55 do 24 zrobiony jeszcze jeden paragon który drukarka fiskalna zalicza do kolejnego dnia itd Różnice są i raczej do zera ich nie zlikwiduje bo występuje tutaj czynnik ludzki którego nie wykluczę ale bardziej chodzi mi o to co zrobić w takiej sytuacji? mam z subiekta deklarację VAT zgodną z zapisami na koncie 221-2 rewizora ale jednak jak podliczę miesięczne raporty fiskalne to mam 3zł VAT różnicy. A VAT raczej powinien być obliczany na podstawie raportów fiskalnych

No i jeszcze trzeba pamiętać że jeśli importujesz paragony to Rewizor liczy VAT od każdego paragonu oddzielnie, podczas gdy drukarka fiskalna sumuje sprzedaż w każdej stawce na całym raporcie dobowym i od tego liczy VAT.
Różnice są nieuniknione.
"Rację" ma drukarka, więc różnicę należy wyksięgować ręcznie.

W Subiekcie nie ma nic do zrobienia.

Nie ma przymusu księgowania raportu miesięcznego, jeśli są dekretowane poszczególne dokumenty.
Nie spotałem urzędu, który by to kwestionował. Tym bardziej, że kwoty z zadekretowanych dokumentów są bliższe rzeczywistości. To drukarka zaokrągla.