Po pierwsze współpracują tylko z wersją PRO, to tak na marginesie.
Ogólnie chyba są tylko 2, oba testowałem i oba są w sumie ok, kwestia który Ci bardziej odpowiada i jak wygodniej na nim działać. Ja mam ten tańszy (co chyba nie znaczy, że gorszy) i od wielu wersji nexo nie mam żadnych problemów.
Niezbyt rozumiem o co chodzi z tym nadpisywaniem towarów na stanie. Stany i towary w subiektach, to osobne byty, które nie wiele mają wspólnego. Stany są na podstawie dokumentów, a towary jako towary, to osobne obiekty, tylko używane na dokumentach.
W tym co ja używam (firmy zaczynającej się na "A") masz opcję tylko aktualizuj, tylko importuj (czyli nie nadpisze jeżeli istnieją) i aktualizuj i importuj (najpierw szuka i ewentualnie aktualizuje, jak nie ma, to dodaje nowy). Oba programy mają wersje demonstracyjne, więc po prostu zainstaluj i sprawdź możliwości, obsługę i samo działanie.