Dziś, przy próbie usunięcia faktury, którą sam nieopatrznie wystawiłem zbiorczo z WZ-tek pokazał mi się dymek z komunikatem jak w temacie: "Brak towaru w magazynie". Faktury nie da się usunąć, jest to pierwsza i jedyna faktura z dziś. Co to za błąd?

Właśnie rozwiązałem problem.
Było dokładnie jak pisze @birds22. Zmniejszyłem towar na FS na jednej z pozycji którą oddał klient. Dodatkowo na tej pozycji w rezerwacji pojawiło się ileś tam MILIARDÓW sztuk

A przypadkiem nie został wpisany czytnikiem kod kreskowy do pola ceny?

Nie. Nie używam czytnika. Po prostu wystawiłem fakturę zbiorczą i przed jej zapisaniem zmieniłem ilość w jednej pozycji.