Ja niestety nie znam systemu s2s. Nie wiem jak to działa - jeśli masz kogoś, kto to ogarnia to on musi Ci to wyjaśnić.
Ja osobiście nie zdecydowałbym się na to, żeby zamówienia wpadały mi gdzieś indziej niż do Subiekta do zamówień. Choćby z tego powodu, że nie muszę ręcznie klepać FV czy paragonów. Ale może ten temat wiąże się z tym, że nie znam s2s.
Kolejna rzecz w synchronizatorze - musi sprawdzać czy produkt jest na stanie czy nie... jeśli stan jego jest zerowy - produkt powinien zniknąć ze sklepu - chyba, że produkty trafiają systematycznie do magazynu - więc przy stanie 0 wyświetli się komunikat, że towar będzie dostępny "za chwilę".
Oczywiście ja pisze tu o pełnej automatyzacji - bo dla mnie to normalne przy "maniu" sklepu magento. Jeśli to ma pracować w półautomacie lub ręcznie - to mz mija się z celem. Zbyt wiele jest opcji dostępnych w standardzie sklepu, żeby coś robić ręcznie.
jeśli chodzi o rezerwację stanów... Skąd wiadomo, że produkt X w sklepie = równa się produktowi X w subiekcie?
W jaki sposób teraz dodajesz towary do sklepu? Ręcznie?
Jeśli ręcznie to tu będzie potrzeby sprawny magik, który połączy Ci ze sobą te produkty. Bo z tego co piszesz wynika, że nie masz w tej chwili żadnej synchronizacji.
Korzystamy z Magento od 2 lat i wysyłamy produkt do sklepu z automatu > prawy klawisz myszy > grupowe > opisy> zaznacz do sklepu.
Przenoszą się wtedy również wszystkie ustawione do tego pola własne. Oczywiście wszystko dzieje się za pomocą autorskiego synchronizatora.
Pola własne możesz wykorzystać do filtrowania produktów w magento.
Jeśli chodzi o przesyłki - pisałem o automatyzacji - czyli wystawiając dokument sprzedaży możesz od razu przesłać klientowi maila z powiadomieniem o wysłanym towarze wraz z nr listu.
Pole uwag - klient musi mieć możliwość wpisania dowolnej uwagi/komunikatu i ja przekonałem się, że warto go przenieść do pola uwag w subiekcie - bo czasem ktoś inny realizuje zamówienie, a Ty nie zdążyłeś czegoś mu przekazać, poza tym plusem jest to, że nie musisz siedzieć non stop w panelu admina w sklepie. Choć ja siedzę i tu i tu - bo śledzę co się dzieje na sklepie (porzucone koszyki, wychodząca korespondencja ze sklepu itd itp)
Realizacja zamówienia... jeśli zamówienie wpadnie już do subiekta to realizacja jest prosta... prawy myszy i masz do wyboru wszystko co możesz wystawić. Dodatkowo możesz dopisać coś do pola uwag, możesz tu właśnie wpisać nr listu. Zaznaczyć płatności...
Rozdzielenie zamówień - wszystkie te zamówienia (hurt, detal, allegro) wpadają w to samo miejsce, ale mają różne numeracje pobrane ze sklepu - to jest kwestia tylko zaprogramowania magento, żeby ustalał, że z jednego widoku sklepu (detal - zamówienia zaczynają się od D, od widoku hurtowego H, a od allegro A) - oczywiście piszę przykładowo.
Generalnie tak uczciwie pisząc - to nie jest temat na forum - przynajmniej nie w takiej postaci, że ktoś coś Ci napisze i trochę nakieruje.
Musisz mieć obok siebie kogoś, kto weźmie to w swoje ręce i zrobi wszystko jak należy - przede wszystkim programista z jajami i przynajmniej podstawową wiedzą w zakresie subiekta i księgowości.
Jakieś doświadczenie z magento i subiektem mam - więc jeśli będziesz miał pytania - pisz śmiało - postaram się odpowiedzieć, ale nie zmienia to faktu, że musisz znaleźć kogoś z kim będziesz współpracował cały czas - niestety magento tego wymaga...
Ja niestety nie jestem programistą

bliżej mi do wdrożeniowca.
EDIT:
Co do wystawianych dokumentów... Klient detaliczny kupujący przez internet, może otrzymać paragon - on też jest podstawą do uznania reklamacji czy zwrotu.