O czym piszesz, co to niby jest "komputer główny" i dlaczego pliki są przenoszone przez pliki zamiast pracować na jednej bazie danych ? Ogólnie przy komunikacji centrala<->oddział o sposobie synchronizacji decydują parametry komunikacji, przy przesyłaniu pojedynczych dokumentów użytkownik podczas każdego wczytywania pliku. Polecam skonfigurować/wybierać synchronizację wg numer NIP to będzie najmniej problemów.