Nie widzę nic dziwnego w obliczeniach. Po prostu faktura jest wystawiona "od brutto".
Dziwne jest drukowanie kolumny z ceną netto w takiej sytuacji.

jak zmienić aby by ło liczone od netto

Jak masz otwartą fakturę, to nad jej numerem jest link "Dokument liczony wg brutto/netto". Klilknij go i zmień.
A być może w ogóle masz ustawione brutto jako domyślne w parametrach faktury w Administracji. Tam powinno być ustawione to, co jest częściej.