W wyniku problemów z połączeniem mam znacznik podwójnej fiskalizacji, ale wiem (sprawdziłem sumę dobową i kopię elektroniczną w drukarce) że jednak zafiskalizowało się raz. Jak usunąć ten znacznik z dokumentu?

Jeśli masz uprawnienia szefa, to można z programu.

W jaki sposób w programie ? W "operacjach" nie widzę odpowiedniej funkcji która by to zmieniła?

Jest tylko jedna możliwość:

Należy zmienić status fiskalny dokumentu bezpośrednio w bazie danych, na przykład za pomocą stosownego zestawienia SQL.