Dodanie symbolu na końcu numeru faktury jest niemożliwe. Ale są inne opcje:
Administracja / Parametry / Numeracja dokumentów / Faktura VAT sprzedaży
Zaznaczasz "Łamany przez rozszerzenie numeru"
Podczas wystawiania faktury dopisujesz ręcznie /S albo /A, np. (auto)/A/12/2017

Możesz też rozwiązać problem dołączając do numeru faktury symbol magazynu/oddziału, ale opcja dopisywania ręcznego wydaje się wygodniejsza.

Dzięki za pomoc ale właśnie po zaznaczeniu rozszerzenia numeru mogę tylko wpisać cyfry a liter już nie. Nie wiem czemu.

Najwyraźniej robisz coś innego niż piszesz, bo w SGT od zawsze można jako rozszerzenie numeru wpisywać litery.

Zapomniałem napisać wczesniej że np. asenizacja ma 8% VAT. Czy jest możliwe osobne numerowanie faktur z innym VATem? Tak też bym po części rozwiązał swój problem

A jaki jest naprawdę problem?
Bo wydaje mi się że ochotę na rejs statkiem i dlatego próbujesz kupić stocznię 
Na jednej fakturze możesz mieć wszystkie obowiązujące stawki VAT w dowolnych proporcjach, więc o co tak naprawdę chodzi?

Ustaw się pomiędzy (auto) a pierwszym znakiem "/"
Wpisz znak "/" i literę

Widzi mi się, że najwygodniej byłoby założyć dodatkowe dwa magazyny, jeden z symbolem A, drugi z symbolem S.
W parametrach numertacji ustawiasz łamanie nr faktury przez symbol magazynu. W ten sposob masz dokładnie to, co Ci wymyśliła księgowa.
Z że wymyśliła głupio, to już inna sprawa. Nie ma żadnego przepisu, który by narzucał takie rozwiązania.
Numeracja faktur dla każdego magazynu jest osobna, więc nie będziesz miała problemów.
Jesli na tych fakturach wystawiasz w zasadzie stałe usługi, to mozesz je dodadać do kartoteki z odpowiednią stawką VAT. Usługi nie mają stanu, wiec nie trzeba się martwić czy ich nie zabraknie na magazynie.