Nie ma możliwości modyfikowania faktury końcowej.
Bo...?
Art. 106b. 1. Podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą:
1) sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług (...)
4) otrzymanie przez niego całości lub części zapłaty przed dokonaniem czynności, o których mowa w pkt 1 (...)
Art. 106e. 1. Faktura powinna zawierać:
9) cenę jednostkową towaru lub usługi bez kwoty podatku
Art. 106f. 1. Faktura, o której mowa w art. 106b ust. 1 pkt 4, powinna zawierać:
4) dane dotyczące zamówienia lub umowy, a w szczególności: nazwę (rodzaj) towaru lub usługi, cenę jednostkową netto, (...)
Usługą jest np. "organizacja przyjęcia". Z góry nie wiadomo ile przyjęcie będzie kosztować, bo np. nie wiadomo ile goście wypiją. Umowa/zamówienie szacuje, że będzie kosztować około 4000zł i podaje sposób wyliczenia wartości końcowej, która zostanie faktycznie poznana dopiero po wykonaniu usługi. Fakt naszej niewiedzy jednak nie zwalnia nas z obowiązku wystawienia faktury zaliczkowej, o czym wprost mówi art. 106b ust 1 pkt 4. Na fakturze zaliczkowej wpisujemy dane dotyczące zamówienia, czyli 4000zł, o czym z kolei mówi art 106f ust 1 pkt 4. Na fakturze końcowej natomiast podajemy już właściwą kwotę np. 4182zł, o czym z kolei mówi art 106e ust 1 pkt 9.
Różnica pomiędzy treścią zamówienia (a co za tym idzie faktury zaliczkowej), a faktycznie dokonaną transakcją (uwzględnianą na fakturze końcowej) nie jest niczym niezwykłym i występuje dość powszechnie. Ba, powiem więcej - wielokrotnie zdarzało mi się, że klient zmieniał zdanie w trakcie realizacji zamówienia i np. dopłacał kolejne zaliczki, a kolejne faktury zaliczkowe miały różną treść zamówienia. Po prostu faktura zaliczkowa ma wskazywać treść zamówienia taką jaka jest w chwili wystawienia faktury zaliczkowej - co nie znaczy, ze zamówienie nie może potem ulec zmianie.
Ponieważ nasze prawo jest takie jakie jest, a ustawa o vacie ma 319 stron, to zapewnie są możliwe inne interpretacje. Tym niemniej najzwyklejsze w świecie wystawienie faktury zaliczkowej jest zdecydowanie najbezpieczniejszym działaniem - i nie zrobienie tego, to tylko proszenie się o kłopoty.