Żeś się obudził...
Należy to wprowadzić w postaci dokumentu PW (Przychód wewnętrzny).
Tyle tylko że w Subiekcie nie ma wbudowanego mechanizmu "zaciągania" danych z zewnątrz (za wyjątkiem formatu EPP, ale wątpię żebyś miał opcję eksportu stanu magazynowego w tym formacie ze starego programu).
Pozostaje zrobić to ręcznie, albo programistycznie.
Każdy dobry wdrożeniowiec ma służące do tego narzędzia.