Rodzaj płatności nie ma znaczenia, wystawienie korekty też.
Tak jak pisałem wcześniej wejdź w rozrachunki z konrahentem (a nie wg kontarhentów), Znajdź tego kontrahenta i wtedy w oby oknach wyświetlą się związne z nim dokumenty. Poszukaj faktury zaliczkowej (tej pierwszej), zaznacz ją k trzymając lewy alt wciśnij Enter. Pokaże Ci się okno powiazania z płatnością, tam poszukaj na dole Rozkojarz i kilknij, zamknij okno.
Zakładam, ze zaznaczenie w dalszym ciągu jest na tej fakturze, spod prawokliku wybierz Rozlicz przez skojarzenie, otworzy się nowe podwójne okno. poszukaj z jednej strony tej faktury i zaznacz, a drugiej strony korektę i też zaznacz. Zatwierdź. I to tyle.
W prawym oknie powinieneś widzieć nierozliczoną kwotę wpłaty bankowej.