Do zamówienia zaliczkowego miała być wystawiona faktura zaliczkowa . I była. Tylko nie wiem, czemu wyszła cząstkowa.
Wyszło dokładnie to, co wybrał użytkownik przy realizacji zamówienia zaliczkowego

Nadmienię, że do "zamówienia zaliczkowego" NIE można wystawić "faktury zaliczkowej", można wystawić tylko "fakturę zaliczkową cząstkową", "fakturę zaliczkową końcową" lub "fakturę sprzedaży".
A drugie: Dlaczego faktura zaliczkowa nie pojawia się na zestawieniu- sprzedaż wg dokumentów
? Pomimo tego, że jest zaznaczone, aby faktury zaliczkowe były pokazywane.
Ogólnie wniosek jest taki, że po prostu nie zostało zrobione to o czym piszesz - opisz "dokładnie", a najlepiej "pokaż" (zrzuty ekranu) jakie dokumenty zostały dodane i jak generujesz zestawienie to może pojawi się możliwość odpowiedzi, alternatywa to zaproszenie serwisanta do siebie, aby sam zajrzał do danych i przy okazji przeszkolił z obsługi programu.