Witam,
gdzie mogę usunąć zapis: "na podstawie zamówienia...." z faktury zaliczkowej końcowej?

Da się. We wzorcu wydruku na zakładce tytuł trzeba odznaczyć "Drukuj dane dodatkowe".

E tam nie masz:

W wersji 1.34 już był, więc korzystasz pewnie ze starego nieaktualnego wzorca wydruku. Czas się przestawić na nowszy wzorzec.

No tak, piszesz o fakturze zaliczkowej, a te mają inne wymagania.
Dla faktur zaliczkowych ten podtytuł jest obowiązkowy, dlatego nie ma w nich tej opcji.