Pojawił mi się problem w Subiekcie GT podczas importu lutowych dokumentów z oddziału do centrali, komunikat "Numer dokumentu się powiela".

Powinieneś się do tego przyzwyczaić.
Praca oddziałowa za pomocą plików komunikacji to gwarancja nieustającej dobrej zabawy.
Zaletą jest to że można się bardzo wiele nauczyć o Subiekcie 

- w styczniu nie było żadnych problemów z importem

Bo powiela się dopiero teraz

- w lutym nie mam żadnych dokumentów w centrali, więc numeracja się nie może powielać
- numeracja i tak jest unikalna, gdyż jest łamana przez oddział i miesiąc, czyli znowu numeracja nie może się powielać

Łamany przez miesiąc to nie to samo co numeracja miesięczna.
Do tego pamiętaj że KP i KW też są dokumentami.

- dokumenty w pliku .epp wyglądają zgodnie z tym co w subiekcie, więc plik jest prawidłowo wygenerowany

Oczywiście. EPP jest zgodne z Subiektem, z którego pochodzi.

Co w takim razie może być przyczyną tego komunikatu?

Import w centrali spowodowałby powielenie numeru któregoś z dokumentów
Najczęściej taki właśnie komunikat jest związany nie z dokumentem głównym (fra) tylko z powiązanym dokumentem automatycznym.

Pytanie, czy komunikacja przebiega po symbolu magazynu czy nie przypadkiem po numerze id magazynu, co powodowałoby problemu z rozszerzeniem numeracji?
Podobnie jest z użytkownikami, po imporcie do centrali to są już inni użytkownicy, bo importowani są nie po identyfikatorze ze słownika personelu, a po id z bazy...

Teraz to już pleciesz głupoty.
Przecież w pliku komunikacji nie ma żadnych numerów Id czegokolwiek! Nie wymyślaj.
Tam są tylko symbole i nazwy (no i NIPy, ale to też pola tekstowe), więc tylko po tym można identyfikować.