Dwie bazy na tej samej licencji można, o ile jest to przetwarzanie danych jednej jednostki organizacyjnej (tak mówi licencja).
Rozrachunki będą oddzielne, bo te bazy są niezależne.
Musisz się zdecydować czy chcesz mieć jedną bazę (a w konsekwencji wspólną kartotekę towarów, kontrahentów i rozrachunków) czy ważniejsze jest rozdzielenie towarów (a w konsekwencji także kontrahentów i rozrachunków).
Decyzję należy do ciebie.