Zastanawia nas, czy jest możliwość wystawienia np. jednego paragonu na którym znajdowałyby się pozycja z magazynu X i Y.

Nie, GT nie posiada takiej funkcjonalności i się nie doczeka (taką funkcjonalność posiada nexo).

Bo w tym momencie, mając dwa magazyny - musiałbym wystawić dwa dowody zakupu jeżeli klient kupiłby towary z obu magazynów.

Nie, wystarczy przesunąć towar z magazynu wyrobów gotowych na magazyn, z którego jest prowadzona sprzedaż, kiedy (po wyprodukowaniu, po sprzedaży) i jak (ręcznie, automatem) pozostaje do rozważenia.

Jakieś propozycje ?

To zależy od tego czego oczekuje księgowość, może to nie jest ciekawe, ale najistotniejsze w tym momencie bo być może wystarczyłaby klasyfikacja towarów i filtrowanie w zestawieniach.

ok,
w przypadku przesunięcia magazynowego z magazynu Y na magazyn X czy jestem w stanie zdobyć dokument na koniec miesiąca typu: sprzedaż wedle okresów ?
księgowość wymaga od nas właśnie takich dokumentów, jak i co miesięcznych inwerteryzacjii cząstkowych.

chcą od nas dokument sprzedaż wedle okresów oraz inwerteryzację magazynu z towarami handlowymi (x) , oraz z osobna z magazynu towarów wyprodukowanych przez nas.

W przypadku który opisałeś wyżej - z przesunięciem magazynowym, i wystawieniem wtedy paragonu tylko w jednym magazynie - gdy zrobię sprzedaż wedle okresów np. za czerwiec magazynu z towarami handlowymi, to będzie tam też zawarty właśnie wyrób gotowy z przesunięcia magazynowego, który zostanie sprzedany.

czyli to mnie nie zadowala..

Można wykorzystać własciwość schematów dekretacji w rewizorze i rozdzielić koszt na WZ na koszt towarów i koszt kompletów.
Jeśli wyroby produkowane przez Was byłyby zapisywane jako komplety, to nie ważne z którego magazynu są wydawane, ale sa prawidłowo księgowane.
Przesunięcie MM do magazynu handlowego i sprzedaż na jednej fakturze nic w tym nie zmienia.

ani my ani nasze księgowe nie mają tego programu, ani nie rozumiem za bardzo tego
ale widzę, że wie Pan o co mi chodzi. Czy kupno Subiekt Nexo rozwiązałoby nasz problem ? czy nie koniecznie ?
szukamy jak najprostszego rozwiązania...