Jak stworzyć teraz z tego jedną bazę nie tracąc żadnych danych, da się to jakoś nadpisać ?

No da się, zawsze można wszystko wprowadzić raz jeszcze ręcznie, można spróbować ten proces zautomatyzować zamawiając taką usługę przeniesienia dokumentów handlowych i magazynowych (będzie potrzebne do tego dedykowane narzędzie), ale przeniesienia rozrachunków już sobie za bardzo nie wyobrażam...

Tak więc zastanów się raz jeszcze co jest Ci niezbędne, czy chcesz na to przeznaczyć znaczącą ilość czasu i pieniędzy lub czy w ogóle ciągle chcesz scalać bazy danych... Polecam na spokojnie wszystko omówić z dostawcą programu.