Program liczy dobrze, tylko nie znasz zasad. To jest coś czym powinieneś się zainteresować przed rozpoczęciem pracy z programem a nie w trakcie.

Koszt zakupu jest taki jak wprowadzisz przyjmując towar. Jak wprowadzisz towar po 5zł netto to koszt sprzedaży tego towaru też będziesz miał 5 zł netto.
Jak będziesz miał na magazynie towar pochodzący z różnych dostaw w różnych cenach to zejście i koszt będzie zgodny z FIFO lub LIFO zależnie jak masz ustawiony program. A jak ręcznie wskażesz dostawę do rozchodowania rozbiciem pozycji to będziesz miał zgodnie z tym co wskazałeś.

A jak wprowadzasz jakieś korekty cenowe zakupu, bo masz jakieś dodatkowe rabaty za obrót to wprowadzenie takiej korekty nie zmienia kosztów na wystawionych wcześniej dokumentach. Niższe ceny "wskoczą" ci dopiero na dokumentach sprzedaży, które wystawisz po wprowadzeniu korekty cenowej.

W zestawieniach sprzedaży niższe ceny zakupu "wskoczą" gdy wybierzesz okres sprzedaży, w którym zostały wprowadzone korekty zakupu. Przykład: wprowadziłeś wczoraj na stan towar za 5zł i sprzedałeś też go wczoraj. Dzisiaj wprowadzasz korektę cenową obniżającą cenę do 4zł. Robisz zestawienie sprzedaży za wczorajszy dzień: koszt będziesz miał 5zł bo badasz okres sprzed przyjęcia korekty cenowej. Zrobisz zestawienie za wczorajszy i dzisiejszy dzień: koszt będziesz miał 4zł bo badasz okres, w którym pojawił się dokument zmieniający cenę zakupu.

Na potrzeby księgowości wylicza się do tego korektę kosztów, która wyliczy różnice powstałe w wyniku wprowadzenia korekt cenowych.
F1 -> korekty kosztów