Mi na pierwszą myśl przychodzi, aby zmodyfikować wzorzec wydruku w ten sposób, aby drukował odpowiedni numer rachunku w zależności, z którego magazynu pochodzi faktura. Zmiana wydaje się dość łatwa do zrobienia, ale trzeba to zrobić w zewnętrznym programie (Crystal Reports) i mieć świadomość, że zmiana numeru rachunku w przyszłości musi być robiona w ten sam sposób.

Panowie ale ja nie piszę o wydrukach. Związane to jest z księgowością firmy.

Chodzi mi o dokumenty w systemie i ich powiązania w paragonie i fakturze jest zakładka bank wpisuje się tam automatycznie domyślny rachunek firmy z słowniki ->rachunki podmiotu.
Ja potrzebuje żeby na dokumentach PA i FS pojawiał się nr rachunku w zależności od magazynu.       
Wystawiam FS w magazynie A  płatność "zapłacono przelewem" i subiekt ma go powiązać z rachunkiem A i adekwatnie magazyn B i rachunek B.

A w subiekcie wszystkie tranzakcie powiązane są z z jednym rachunkiem bankowym domyślnym (słowniki ->rachunki podmiotu).

Da się to jakoś ogarnąć.

Dokładnie tak.
W praktyce albo rzetelnie prowadzimy bank albo używamy "zapłacono przelewem".