Prosta zasada - fakturę należy wprowadzić tak, jak się ją otrzymało - skoro jest to WNT w EUR to takie parametry należy wybrać na dokumencie (rodzaj transakcji VAT i waluta), przepisać ilości, ceny, ewentualnie poprawić ręcznie tabelkę VAT i koniec, nie trzeba wybierać żadnych stawek VAT na pozycji. Na potrzeby księgowości są dostępne mechanizmy, które wspierają wykazywanie VAT'u jak faktury wewnętrzne, ale to temat dla księgowości, a nie sprzedaży.
@yemet, czy nie wypadałoby najpierw napisać jak powinno się wprowadzać taki dokument, a ewentualnie na końcu opisać jak wy pracujecie i podać przy tym argumenty, które za tym przemawiają - dla mnie to wygląda na nieznajomość możliwości programu oraz dokładnie pracy dla sprzedaży (osób wprowadzających FZ) ?