czy jest możliwość, aby opcja "wycofaj skutek magazynowy"

Konfiguracja znajduje się w parametrach Subiekta. Nie wiem tylko po co sprzedajesz towary bez stanu magazynowego ? Jeśli nie są potrzebne stany to należy korzystać z usług.

oraz "zapłacono przelewem" (zamiast "gotówką") przy realizacji paragonem,

Nie da się, można wystawiać paragony imienne dla "kontrahenta jednorazowego" z oczekiwaną formą płatności. Formę płatności można też szybko zmienić za pomocą skrótów klawiaturowych.

paragonem imiennym oraz fakturą VAT była domyślnie wybrana?

Należy zmienić formę płatności dla istniejących kontrahentów, aby ustawiała się jako domyślna dla nowych kontrahentów należy ją ustawić w parametrach kontrahenta.