Odinstaluj SQL Server, zainstaluj ponownie oraz podłącza bazę za pomocą programu serwisowego.

a nie stracę kontrahentów, towary, wystawione dokumenty?

Przy denstalacji Servera SQL nie są usuwane bazy. Więc jesli nie przyjdzie Ci dio głowy szalona myśl, żeby wyczyścić foldery, to bazy ocaleją.
Po instalacji są dla servera niedostępne, dlatego należy je podłaczyć albo programem serwisowym (jak napisano wyzej)  albo SQL Management Studio.