Też miałem podobny problem że klienci nie pisali na przelewach czy dotyczy FV czy zamówienia i się dublowały numery na przelewach. Dodanie mnemonika za wiele nie zmieniło, ale było trochę lepiej.
Dodatkowo ustawiłem w numerach faktury łamanie przez magazyn (1/MAG/2018), a w zamówieniach zostawiłem tylko numer (1/2018) i już nie mam z tym problemu.