Nie ma w Subiekcie faktur zaliczkowych zakupu. Więc robiąc przelew do kontrahenta możesz wprowadzić operację bankową, która z kolei przy wpisywaniu właściwej faktury pokaże się jako przedpłata do wykorzystania.

Jesteś pewna że obie operacje są powiązane z tą fakturą?
Jeśli tak, to masz błąd w bazie danych.
Jeśli natomiast 2 osoby wystawiły operację bankową wpisując że dotyczy tej f-ry to trzeba jedną z tych operacji usunąć. Tę, którą się da 

.... zwykła FZ z zaznaczonym kredytem kupieckim, bo na fakturze zaliczkowej termin zapłaty był inny niż data wystawienia. Po otrzymaniu faktury końcowej: znów FZ z zaznaczoną przedpłatą i operacją bankową z datą wyjścia pieniędzy z konta.
Rozumiem, że jest to prawidłowe działanie i z zamówieniami do dostawców to już moje niepotrzebne kombinacje, tak?

Jest to bardzo nieprawidłowe działanie, bo do jednej faktury zakupu masz w systemie dwie. Czyli dwa razy wprowadzasz ten sam towar do magazynu i tworzysz dwa osobne rozrachunki. Zrobisz bałagan , ktorego później mozesz nie odkręcić.
Jeszcze raz powtarzam, że faktura zaliczkowa przy zakupie jest tylko i wyłącznie kawałkiem papieru potwierdzającym dokonaną wpłatę i sam fakt zamówienia czegoś.
Natomiast możesz korzystać z Zamówienia do dostawcy, gdzie na drugiej zakładce masz możliwość wpisania wpłaconej zaliczki. A jak przyjdszie właściwa faktura, ty tylko sprawdzasz jej zgodność (asortymentowo-cenową) z zamówieniem i przekształcacz je na fakturę zakupu automatem. Rozliczajśc w samej fakturze przedpłatę.

Właśnie tego się doszukałam i próbowałam dokładnie tak zrobić, tyle że w momencie wpisywania zaliczki, którą zapłaciłam, dostępną formą zapłaty jest gotówka z kasy (zaliczkę zapłaciłam przelewem z konta), co w takiej sytuacji? Serdecznie dziękuję za pomoc

Nie wypełniać zaliczki w zamówieniu, tylko jako operację bankową Bank wyda. Przy fakturze i tak ta wypłata zostanie powiązana po kontrahencie i będzie widniała jako przedpłata. A brak przelewu w Zd jest błędem Insertu.