Nie możesz używać FROM przy każdej kolumnie (nie w ten sposób).
W tym przypadku możesz użyć na przykład CASE WHEN ELSE END:
SELECT
tw__Towar.tw_Nazwa AS [Nazwa towaru] ,
SUM(CASE WHEN tw_Stan.st_MagId = 1 THEN tw_Stan.st_Stan ELSE 0 END) [UR],
SUM(tw_Stan.st_Stan) AS [ŁĄCZNIE]
FROM tw__Towar, tw_Stan WHERE tw_Stan.st_MagId IN (1,5,6,7,8,9,10) AND tw_Stan.st_TowId=tw__Towar.tw_Id AND tw_Stan.st_Stan>0
GROUP BY tw__Towar.tw_Nazwa
W warunku tw_Stan.st_MagId nie potrzebnie użyłeś apostrofów (kolumna jest typu liczbowego).
Zamiast podawać za każdym razem nazwę tabeli możesz użyć aliasów:
SELECT
tw.tw_Nazwa AS [Nazwa towaru] ,
SUM(CASE WHEN st.st_MagId = 1 THEN st.st_Stan ELSE 0 END) [UR],
SUM(st.st_Stan) AS [ŁĄCZNIE]
FROM tw__Towar tw , tw_Stan st WHERE st.st_MagId IN (1,5,6,7,8,9,10) AND st.st_TowId=tw.tw_Id AND st.st_Stan>0
GROUP BY tw.tw_Nazwa