Witam
Czy można ustawić tak by przy stałej stawce miesięcznej pracownika, program nie rozdzielał wynagrodzenia  na zasadnicze i urlopowe w momencie kiedy w danym miesiącu był na urlopie ?

Można
Umowa o pracę-Czas pracy-Sposób rozliczania urlopu wypoczynkowego.

nie mam teraz dostępu do programu.. ale czy mam rozumieć ze dla każdego pracownika to trzeba indywidualnie ustawić ?

Ponieważ ustawia się to w umowie, to niestety trzeba to tam grzebnąć. Nie ma do tego parametru. Natomiast w Administracja-Parametry-Parametry Gratyfikanta trzeba zaznaczyć znacznik Naliczaj nieobecności płatne. To ustawienie jest globalne. Ale trzeba pamiętać o tym, że zmiana ustawienia globalnego nie działa wstecz czyli do już istniejących umów.