Jeśli jest to faktura detaliczna wystawiona do paragonu, to nie musi być wykazana w pliku jpk, bo jest ujeta w raporcie dobowym czy innym okresowym. Chyba, że nie księgujesz raportów, tylko paragony pojedynczo, tak jak one są, ale to pomysł diabła.
Natomiast obojętnie czy księgujesz pojedyncze paragony czy raport okresowy, to w momencie zaimportowania FSd zdublujesz wpis. Jeśli już koniecznie chcesz mieć te faktury, to nie możesz księgować paragonów od tych faktur lub robić korektę raportu fiskalnego.
Gra nie warta świeczki.