Robię faktury wewnętrzne podatku należnego i naliczonego... F. wewn. są ok ( zaznaczone pobieranie z faktur mieszanych tylko pozycje oo)... tylko dlaczego nie widzę tych faktur wewn w rejestrach i nie pobiera do deklaracji ?

Pewnie dlatego że nie zaimportowałaś tych faktur wewnętrznych.
Samo ich istnienie niczego nie zmieni.

Dodam, że faktury mieszane nie spełniają warunków określonych w Rozporządzenieu fakturowym i nie powinny być wystawiane. Ale polacy mają w d... przepisy.

Pomijam aspekt nieprawidłowości wystawiania takich faktur, bo na to wpływu w firmie nie mam, a zaksięgować trzeba

Dosyć często to słyszę i w wielu przypadkach nie jest to prawda. Jest to raczej strach przed próbą przekonania szefa/właścicela.

Nie w tym przypadku.
Rozmów z szefem było chyba ze trzy. Dla niego to problem, aby fakturować osobno i koniec dyskusji.

Można to jakoś sensownie zaksięgować do vatu?

A próbowałaś z argumentem? Np fragment rozporządzenia fakturowego odnoście wymagań faktur oo.
Szczególnie fragment - Faktura oo nie zawiera....

Nie da się tego zrobić w jednym dekrecie, choćby ze względu na Ewidencje VAT. Pozycje faktury z normalnym VATem musza trafić do Ewidencji VAT zakupu, a pozycje z oo do Ewidencji Odwrotne obciążenie.
W związku z tym powinnaś taka fakturę zakupu rozbić na dwie -jedna z normalnym VAT, a druga oo i osobno je zaksięgować.
Jak ustawisz prawidłowo parametry zapisów powiązanych w Administracja-Parametry-Ewidencje VAT, to zapis lustrzany do Ewidencji VAT sprzedaży oo (zakup) sam Ci wskoczy. Tle, że wskoczy z wartością zerową, bo taka jest wartość stawki z oo i w dekrecie w ewidencji VAT oo trzeba kwotę netto przenieść do pozycji 23%, a w pozycji oo wyzerować. Zapis w Ewidencji sprzedaży sam się pojawi.
Chyba że wolisz to robić przez faktury wewnętrzne.