To jeżeli jest to na jednej bazie, to wprowadzaj w takich  fakturach w numerze oryginalnym jakiś specyficzny znacznik, w Rachmistrzu w liście dokumentów importowanych odkryj te kolumnę, żeby księgowy widział i będzie jasność.
Jak dodatkowo zastosujesz formatowanie warunkowe i pokolorujesz wiersz na czerwono to myślę, że będzie wystarczający sygnał, żeby tych faktur nie importować.