Spróbuję pomóc masz 2 wyjścia:
1) Wprowadzasz faktury tak jak otrzymałeś, zakup i koszty osobno, rozrachunki się zgadzają, remanent też. Nie zgadza się marża, bo nie uwzględnia kosztów dodatkowych (cło, transport). Tak robisz teraz.
Cenę kartotekowa możesz sobie podnieść o koszty dodatkowe, ale to jest tylko do wyliczania marzy w kartotece i nie będzie miało odzwierciedlenia na zestawieniach. Jak jeszcze masz cenę nabycia zmienną (wahania kursu walut, różne koszty transportu i czasami brak cła), to wychodzi, że nic nie będziesz wiedział nt. zysku na towarze.
2) Koszty dodatkowe doliczasz do ceny zakupu towarów i wpisujesz wyższe ceny na fakturze zakupu. W podsumowaniu dokumentu zaznaczasz. W dokumencie zaznaczasz "Wartości inne niż wyliczone" (lub w zakładce VAT) i wpisujesz prawdziwą kwotę brutto w faktury. Dzięki temu masz to o co pytasz - koszt nabycia towaru zawiera koszt transportu i cła. Problem jest z remanentem. Chociaż kiedyś czytałem, że to zależy od firmy i że można do ceny ewidencyjnej doliczać cło. Ale nie potwierdzę, bo się nie znam

Obaj przedmówcy wg których nie zrozumiałem problemu i zamieszałem - mieliście kiedyś praktycznie do czynienia z takimi transakcjami?

Tak.

I to co napisałem jest jak najbardziej właściwą ścieżką postepowania.
Jest trudniejsza, ale niestety w handlu z zagranicą obowiązują pewne procedury (ustawowe) i nie przeskoczy się tego kombinacjami.

Może cos przeoczyłem - jak kontrolować marżę/zysk przy wielu dostawach z różnymi cenami zakupu (w tym znaczącymi różnymi kosztami dodatkowymi) i stałej cenie sprzedaży ?